Po nástupu do úřadu si vzal za úkol potlačit sílu italské šlechty. V tajném spiknutí byl zajat a odveden do Andělského hradu, později převezen do vězení v Kampánii, odkud se mu podařilo utéci. Za pomoci přátel se dostal zpět do Říma, kde se ujal svatopetrského stolce. Sestavil obřad svěcení zvonů a určil, aby každý zvon byl posvěcen na jméno Boží, anděla nebo nějakého světce. Tento obřad má platnost do dnešních dnů. Za jeho pontifikátu přišlo v r. 966 do Říma poselstvo českého knížete Boleslava I., které vedla jeho dcera Mlada (Milada) Přemyslovna. Ta v Římě vstoupila na dva roky do kláštera, přijala jméno Marie. Na Štědrý den v roce 967, Jan XIII korunoval syna Oty I. císařem (Oto II). Během pontifikátu řešil vzrůstající problémy s Východem.