Byl zvolen na návrh římského krále Jindřicha III. na synodě v Sutri jako náhrada za papeže Řehoře VI., který odstoupil z úřadu. Klement II. zahájil vnitřní obrodu církve, přijal dekrety o svatokupectví (kupování si církevních hodností). Zanedlouho umírá na dehydrataci po průjmu. Při zkoumání jeho ostatků ve 20. století bylo zjištěno, že zemřel na otravu trihydrátem octanu olověného (olověný cukr). Jednalo se buď o otravu předávkováním, protože trihydrát se požíval na zastavení průjmu, nebo byl otráven.