Před svým zvolením papežem byl říšským kancléřem Otty II. Otto II. zemřel krátce po jeho zvolení papežem, Otto III. měl pouze 3 roky a nebyl schopný chránit postavení papeže Jana. Lidé z Říma se konečně cítili osvobozeni od nenáviděného císaře a požadovali římského papeže. Toho využil vzdoropapež Bonifác VII., který se vrátil z Konstantinopole, uzurpoval moc, právoplatného papeže nechal uvěznit a zemřít hladem.