Byl papežem buďto od 10. srpna 654 (zvolen), nebo od 1. září 655 (smrt jeho předchůdce) až do své smrti. Úřad zřejmě vykonával od prvního data. Pyrrhus, patriarcha cařihradský, si sestavil svoje vyznání víry a poslal ho Evženu I. Obsahovalo šířené kacířství. Budoucí patriarcha, kněz Petr, začal učit o trojí vůli v Kristu a Pyrrhus jeho názory přijal za své. Proti těmto bludům musel Evžen I. zaujmout stanovisko. Odmítl Pyrrhuova synodika a zakázal jakékoliv společenství s cařihradskou církví. Museli se omezit jen na styky přímo s císařem. Řekové se proti papeži bouřili a kacířští dvořané vyhrožovali v polovině září r. 656, že by s Evženem I. naložili jako s jeho předchůdcem, pokud by je právě nezaměstnávalo nepřátelství se Saracény.