Prasynovec 48. papeže Felixe II. (III.), jeho otec ovdověl a stal se knězem, Agapet byl uveden na svatopetrský stolec 3. 6. 535, v den uvedení a vysvěcení odsoudil pokusy žijícího papeže označovat svého nástupce. Na žádost ostrogótského krále Theodahata podnikl cestu do Konstantinopole, aby císaři Justiniánovi rozmluvil válečnou výpravu do Itálie, k níž se právě na Sicílii chystal byzantský vojevůdce Belisarius. V Konstantinopoli byl přijat s velkými poctami, a i když u císaře nepochodil, dosáhl dohody v odsouzení monofyzitské hereze, kterou podporovala i císařovna. Papež zde zemřel a byl jako první z papežů uložen do olověné rakve, převezen do Říma a pohřben u sv. Petra.