Jeho otec Hartwig měl hrabství v Bavorsku a byl bratrancem císaře Jindřicha III. Ve 24 letech se stal na císařův příkaz biskupem v Eichstättu v Bavorsku. Po smrti 153. papež, Lva IX. přišla do Mohuče za císařem delegace z Říma a požádala ho, aby jmenoval nového papeže. Císař navrhl a prosadil Gebharda na svatopetrský stolec. Tomu se nechtěl podřídit konstantinopolský patriarcha Michael Caerularius a došlo k úplnému rozdělení jednotné církve na církev katolickou (všeobecnou) a pravoslavnou (pravověrnou). Viktor II. během poměrně krátkého pontifikátu upevnil papežský trůn před zásahy zvenčí, především proti zvůli šlechticů.