Protože se Sergius musel rychle prosadit proti vzdoropapežovi, nemohl čekat na císařovo schválení jeho volby. Císař Lothar proto posla do Říma svého syna Ludvíka s armádou, aby obnovil císařskou autoritu. Sergius ale svůj postup obhájil. Přispěl také k přestavbě Říma. Ale v srpnu roku 846 vydrancovali muslimští Saracéni velechrám sv. Petra, baziliku sv. Pavla a začali drancovat okolí Říma, které zpustošili. Papeže ranila mrtvice a byl pohřben ve vypleněném svatopetrském chrámu.